据2018年大学生就业形势分析报告显示，今年应届生毕业人数预计达820万，远高于2017年795万高校毕业生，就业形势相当严峻。针对日益严重的就业形势，在本学期初制药与化学工程学院就立足自身特点，发挥行业优势，通过学校党政领导、教师、辅导员的齐抓共管，采取多项举措不断加强毕业生就业工作。
在学校就业办等部门的支持帮助下，截至目前，制药与化学工程学院2018届253名毕业生中，三方协议就业率（含升学）达到97.6%；在8个行政班级中，其中包括化学工程与工艺、制药工程、药事管理专业在内，共有三个班的就业率达100%，其他五个班均达95%以上。学院平均考研升学率11.9%，其中制药工程2班达17.1%，创历史新高。
近年来，制药与化学工程学院本着培养一流应用型人才为目标，加大校企合作力度，不断推出“3+1”创新人才培养模式，实现深度校企合作，使学生尽早与优秀化工制药企业对接，尽早将企业文化融入课堂，培养学生严谨务实的职业习惯，在外实习学生广受好评。南京先声药业、苏州辉瑞、南京威凯尔药业、南京太亚科技有限公司、江苏柯菲平医药股份有限公司等近30家企业与学院长期合作，每年稳定输送大量优秀毕业生直接到岗工作。